雍正在位13年，对清廷机构和吏治，做了一系列改革。如为加强对西南少数民族的统治，实行改土归流、耗羡银归公，建立养廉银制度等。特别是雍正七年（1729年）在出兵青海，平定罗卜藏丹津叛乱后，为提高军务效率，在离养心殿百步之遥的隆宗门内设立军机处，更是铸就了沿袭至清末的帝后独揽军政要务的集权模式。有鉴于康熙朝诸皇子争储位的惨痛教训，雍正创立秘密建储制，即将已选定的储君姓名，写好密藏匣内，再置于乾清宫“正大光明”匾后，以备不测。这一制度，有助于以后乾嘉道咸几朝皇权的顺利过渡。
雍正十三年（1735年）八月，据说胤禛因迷信道士，服用丹丸过度死于圆明园。庙号“世宗宪皇帝”。葬河北易县清西陵“泰陵”。
2、文治
雍正元年（1723年）是清朝入关的第八十年，许多社会矛盾，错综复杂，积累很深。他盛年登雍正“为君难”玺极，年富力强，学识广博，阅历丰富，刚毅果决，颇有作为。康熙政尚宽仁，雍正继以严猛。雍正在位短短13年，他最主要的特点是“改革”，可以说雍正是一位改革型的皇帝。
1）、勤政和反腐倡廉
勤政，是雍正区别于其他帝王的一个突出特征。纵观中国历史上的皇帝，像雍正那样勤政者，前无古人，后无来者。他在位期间，自诩“以勤先天下”，不巡幸，不游猎，日理万机，终年不息。仅以朱批奏折而言，雍正朝现存汉文奏折35000余件、满文奏折6600余件，共有41600余件，他在位12年零8个月，实际约4247天，平均每天批阅奏折约10件，多在夜间，亲笔朱批，不假手于他人，有的奏折上的批语竟有1000多字。
反腐倡廉。雍正元年（1723年）正月，他大刀阔斧、雷厉风行地连续颁布11道谕旨，训谕各级文武官员：不许暗通贿赂，私受请托；不许库钱亏空，私纳苞苴；不许虚名冒饷，侵渔贪婪；不许纳贿财货，戕人之罪；不许克扣运费，馈遗纳贿；不许多方勒索，病官病民；不许恣意枉法，恃才多事等。严诫：如因循不改，必定重罪严惩。二月，命将亏空钱粮各官即行革职追赃，不得留任。三月，命各省督、抚将幕客姓名报部。严禁出差官员纵容属下需索地方。后以户部库存亏空银250余万两，令历任堂司官员赔补。同年设立会考府，进行审计，整顿收支。这一年，被革职抄家的各级官吏就达数十人，其中有很多是三品以上大员。与曹雪芹家是亲戚的苏州织造李煦，也因为经济亏空而被革职抄家。《清史稿·食货志》说：“雍正初，整理度支，收入颇增。”史家评论说：雍正“澄清吏治，裁革陋规，整饬官方，惩治贪墨，实为千载一时。彼时居官，大法小廉，殆成风俗，贪冒之徒，莫不望风革面”。说明雍正整顿吏治的绩效。
雍正在位时，还有几举重大举措。
2）、建立密折制度
什么是密折呢？密就是机密；折就是将奏文写在折叠的白纸上，外面加上封套。康熙朝有奏折，雍正朝密折制度加以完善。皇帝特许的官员才有资格上奏折。康熙朝具折奏事的官员100多人，雍正朝增加到1200多人。奏折的内容，几乎无所不包，诸如刮风下雨、社会舆情、官场隐私、家庭秘事等。皇帝通过奏折可以直接同官员沟通，更加了解和掌握下面的实际情况。奏折运转处理程序，因“阁臣不得与闻”，而避开阁臣干预，特别是官员之间互相告密、互相监督，强化了皇帝专制权力。雍正朝现存满、汉文奏折41600余件，是研究雍正朝历史的重要档案资料。
3）、设军机处
雍正创设军机处，作为辅助皇帝决策与行政的机构。地点在紫禁城隆宗门内北侧。军机大臣没有定员，少则二人，多则九人。主要职掌：每日晋见皇帝，商承处理军政要务，以面奉谕旨名义，对各部门、各地方布指示；面奉谕旨，起草公文，由朝廷直接寄，称为“廷寄”，封函标明“某处某官开拆”字样，由兵部捷报处送；誊录保存公文，就是将皇帝批阅的奏折，誊录副本，称为“录副奏折”。这项措施使大量档案得以保存。在清初，重要的军政机构有三个：一是议政处，二是内阁，三是军机《雍正帝朱批奏折》奏折制简化了文牍手续，具有一定的积极意义。处。议政处源自关外，大部由王公贵族组成，称议政大臣，参画机要。后设内三院，即后来的内阁。军务归议政处，政务归内阁。议政处的权力逐渐减弱，到乾隆朝撤销。内阁，仿明朝制度，逐渐排斥议政处于机务之外。而军机处建立后，军政要务归军机处，一般政务归内阁。军机处权力远在内阁之上，大学士的权力为军机大臣所分，逐渐排斥内阁于机务之外。大学士兼军机大臣才有一定实权。内阁宰相，徒有虚名。军机处的建立，标志着皇权专制走向极端。明代内阁对皇权有一定的限制，如诏令由内阁草拟、经内阁下，阁臣对诏令有权封驳。但是军机处成立之后，排除了王公贵族，也排除了内阁大臣。军机处的设立，使清朝皇帝乾纲独断——既不容皇帝大权旁落，也不许属臣阻挠旨意。
4）、摊丁入地
中国过去土地和人丁分开纳税。康熙五十年（1711年）后，实行“盛世滋生人丁，永不加赋”，但此前出生的人丁还要缴纳丁银。雍正推行丁银摊入地亩。这项赋役制度的重大改革的值得盛赞、肯定的积极意义在于，从法律上取消了人头税，减轻了贫穷无地者的负担。但是，自“盛世滋生人丁，永不加赋”之后，特别是实行“摊丁入地”制度之后，社会人口，急剧增长。道光年间，人口之数，突破4亿。
5）、改土归流
在云、贵、粤、桂、川、湘、鄂等省少数民族地区，主要由世袭土司进行管辖。此前已有“改土归流”的举措，但雍正全面实行“改土归流”制度，就是革除土司制度，在上述地区分别设立府、厅、州、县，中央非世袭的“流官”进行管理。这种管理体制，同内地大体相同。雍正帝的改土归流，打击了土司的世袭特权和利益，减轻了西南少数民族的负担和灾难，促进了这一地区社会经济与文化的展。民族与边疆问题，东北地区在努尔哈赤、皇太极时期已经解决；东南的台湾、北方的蒙古，到康熙时已经得到解决；西南的民族问题，雍正时已经解决；新疆和西藏，到乾隆朝得以解决。
6）、废除贱籍
贱籍就是不属士、农、工、商的“贱民”，世代相传，不得改变。他们不能读书科举，也不能做官。这种贱民主要有浙江惰民、陕西乐籍、北京乐户、广东户等。在绍兴的“惰民”，相传是宋、元罪人后代。雍正对历史上遗留下来的乐户、惰民、丐户、世仆、伴当、疍户等，命令除籍，开豁为民，编入正户。
7）、确立新的立嗣制度
立嗣，是雍正留给清代的一份重要历史文化遗产，就是建立秘密立储制度。清朝皇帝的继承人问题，康熙以前没有定制。清太祖死后，因皇位继承演出大妃生殉的悲剧，害得多尔衮从小失去母亲；清太宗死后，尚未入殓，几乎演出兵戎相见的惨剧；清世祖死后，仓促让一位8岁的孩童继位，大清出现一位英明的君主实属幸运；清圣祖死前继承人未定，演出了雍正兄弟骨肉相残的悲剧。大清皇朝，是家天下，用什么办法在家族内确立接班人，是清朝建立100多年所没有解决的问题。用嫡长制？虽可以避免兄弟之争，但不能保证选优。明亡教训，已有前车之鉴。用太子制？康熙帝失败的教训，雍正已经亲历切肤之痛。如何解决？雍正采取的一个办法是预立皇位继承人，但不公开宣布，这就是秘密立储。即将传位诏书置密封锦匣中预先收藏于乾清宫“正大光明”匾后。这是建储制度的一项伟大创举。其积极的方面是，既有利于在皇子中选优，又避免皇子们争夺储位，相对地保证了皇位继承的平稳过渡。
顺治选了康熙继位，雍正选了乾隆继位。这两位大清皇帝，都君临天下60年，开创出中国封建王朝史上的“黄金时代”——“康乾盛世”。应当说，雍正有眼力，有见识，看准并决定要乾隆继承、光大他的事业，确是选对了接班人。这对大清帝国、对中华民族、对亚洲历史及世界文明的展进程，都产生了重大的影响。
3、武功
1）、大败噶尔丹策零
雍正七年（公元1729年），清军与准噶尔部产 生了矛盾，引了大规模的武装冲突。雍正九年（公元1731年）七月，噶尔丹部进军途中被清军的伏兵围攻，大败。清廷授顺承郡王锡保为靖边大将军。九月，于鄂登楚勒大胜，噶尔丹策零率残部仓皇逃走。但他不甘罢休，总想侵占喀尔喀，扩大势力。雍正十年（公元1732年）六月，清军及喀尔喀蒙古骑兵联兵于光显寺大败噶尔丹策零。光显寺之战，准噶尔部受到了重创。由于形势所逼，噶尔丹策零于雍正十一年（公元1733年）年底向清政府求和。第二年，清政府派使者赴准噶尔，希望其部能与喀尔喀划清游牧界，永远不再生战争。经多次谈判，于乾隆四年（公元1739年），清廷始同噶尔丹策零订议，以阿尔泰山为界，准噶尔部于阿尔泰山以放牧，喀尔喀部在阿尔泰山以东放牧，各占其地。这样，清政府与准噶尔部割据势力之间的矛盾暂时得到缓和，并维持了20年的和平局面。