在联合舰队接到“大海令”的同一天，“日向”号战列舰在训练时生意外事故，炮塔爆炸，造成70余人死伤。

仅隔两天，日本海军再遭当头棒喝，小航母“祥凤”被美军击沉。接下来的珊瑚海海战，表面上日本人占了上风，但在战略上损失很大，不仅没有达到攻占莫尔斯比港的预期目的，就连备战中途岛都因此受到了连累。

高木舰队的两艘航母，“翔鹤”负重伤，在返回日本途中就差一点翻掉，最后一瘸一拐好不容易才得以开入军港。该航母是太平洋舰队战争开始以来，日本海军损伤最重的大型舰船，一检查，至少需要一个月才能修复，这也就是说，它将不能参加中途岛作战。

几天后，高木舰队的旗舰“瑞鹤”入港。“瑞鹤”虽然船身没有受伤，可飞行人员损失了近一半，阵亡人员中排在第一位的是海军少佐高桥赫一。

在空袭珍珠港时，高桥担任俯冲轰炸机队的队长，此人作战风格冷静犀利，被封为“舰爆豪杰”，他与渊田、村田等人同属日本海军航空兵中的佼佼者。

日本海军并没有中断过对飞行员的培养，新飞行员可以不断补充，但新飞行员无论多么求战心切，多么悍不畏死，都不能完全替代这些技术娴熟、富有作战经验的沙场老兵，他们才真正称得上是日本海军的力量之本，因此，高桥及一批老飞行员的死，对日本海军造成了沉重打击。

另外，舰载机与航母之间还有一个配合问题。“瑞鹤”到港时，离机动部队出只有一个星期，即便马上补充飞行员和飞机，也来不及对补充人员进行舰上训练，显然，“瑞鹤”也无法参战。

高木舰队原来就属机动部队编制，番号为第五航空母舰战队。它们的意外缺席，令机动部队陡然少了三分之一的空中攻击力，而在重大战役中，这一变故极可能决定最后的胜负。

“翔鹤”进港的当天，曾因未能追上“翔鹤”而抱憾的美军“海神”号潜艇给山本来了个下马威。这艘潜艇在日本九州外的海底潜行时，现日军潜艇“伊-164”正在水面行驶，“海神”当即瞄准对方驾驶指挥塔开火，仅用一鱼雷，便把毫无戒备的“伊-164”送上了天。

“伊-164”在联合舰队中属第五潜艇战队，根据“MI行动计划”，第五潜艇战队是组成日军潜艇警戒线的重要部分。“伊-164”恐怕自己都想不到，会在无意中成为中途岛战役的第一个倒霉蛋，并使他们的上司山本实实在在尝到了“开门黑”是什么滋味。

凡此种种，都给山本的心理蒙上了一层阴影。不过既然“大海令”已经颁布，就没有无功而返的道理，何况从高木舰队的报告来看，太平洋舰队也被击沉两艘航母，实力应该被抵消得更多才是。

日本的舆论也很给军人们壮胆，一家报纸甚至吹嘘说，美国海军的主力舰队此刻正躺在太平洋底，美国有无能力再派舰队到太平洋来，都是大可怀疑的一件事。

1942年5月21日，日军中途岛参战部队在公海举行了为期两天的舰队演习，这是自太平洋战争以来日本海军规模最大的一次演习，也是他们在公海上举行的最后一次演习。

5月25日，上述部队返回柱岛锚地后，联合舰队又在“大和”上进行了最后一次沙盘演习，这标志着中途岛的战前准备已经全部就绪。