广州被攻陷之后，萧云贵仿上海、宁波等通商口岸成例，单独成立了广州军政司治理广州，派遣卢贤拔接任广州军政司司长，李天熙为广州卫戍部队统兵大将，成立南海舰队，唐正财为舰队提督。而罗大纲率领大部分舰队返回上海之后，原来上海的舰队便升格为东海舰队。

卢贤拔到任后，照搬了上海的成例，迅速接管海关，成立粤海关，废除苛捐杂税，鼓励工商发展，得到了广东商民百姓们的支持。同时广州富庶，仅仅在广州满清海关衙门内就搜出白银一百余万两，随着一大批广州官员的府衙被查抄之后，太平军总计得了五百余万两的钱粮财物。

同时广州城内也有满城，太平军这一次并没有对广州的满城进行大肆屠戮，在攻入满城之后，除了将顽抗分子坚决剿灭之外，大部分满城的旗民们选择了投降，而太平军也接受了他们的投降。

旗民们投降之后，财物大部分被查抄，十余万旗民被驱赶出满城，分散安置到广东几处较大的矿产区从事采矿等繁重的劳作。广州满城的旗民可以说并不富庶，到了鸦片战争后期，旗民们领取的钱粮日渐减少，到了咸丰初年更是直接生计困难。而从康熙年间开始，驻守广州的旗民兵丁就被严禁学习耕作手工技艺。这些人根本就没有一技之长，也无法从事任何生产，严禁从事工商活动。然后广州旗民严禁与外城百姓通婚。甚至严禁离城十里，这导致满城内的广州旗民们同外界基本上是没有什么社会接触的。

对于这些没有社会关系，没有一技之长的旗民，太平军自然不可能让他们如此继续在广州城待下去，悉数安排到各大矿产从事简单的体力劳动便是最好的选择，在太平天国之内没有人可以享受不劳而获。

于是十余万旗民开始了血泪的搬迁史，他们被太平军按家庭为单位分为数十批。每批数千或万余人不等，分别安置到广东、福建、江西等地去。一路上太平军只是供给最基本的口粮，旗民迁移艰难困苦。拖家带口、风餐露宿，哭喊声震四野，沿途押送的太平军也颇为于心不忍。

其实广州旗民生活得并不太好，甚至比广州一些外城百姓都要糟糕。外城百姓还能有谋生手段。他们就只能靠微薄的旗丁钱粮生存，如今他们经历的苦难也只能怪他们崇尚弓马的祖先了，要不是强加给他们的种种所谓祖制，他们也不会落到如斯田地。

后来这些旗民们在各地从事矿产开采等繁重的劳作，随后又有大批旗民参与到闽广铁路的修建当中，总算有一技之长可以生存，到得太平天国统一全国颁布之后，旗民们才重新开始享受一个国家公民能够享受的一切权利和待遇。但那时候的旗民已经因为繁重的劳作和长期营养不良而锐减，此乃后话。

旗民们的迁移途中也发生过几次较大的暴动和逃亡。但都被太平军给迅速镇压，由于旗民们和外界社会长期脱节，他们缺少同情者，甚至普通百姓都拿这些昔日的旗丁老爷们当怪物看，没人支持和同情，所以旗民们的反抗也是极为脆弱的。后来除了少数遗老遗少撰文记述过旗民迁移的血泪史之外，天国正史中的记述仅仅是简单的几句话：“时月广州光复，迁满城旗民十余万散于南疆三省各地，令其各自以开矿、修路谋生……”

叶名琛等满清官吏被俘之后，走海路跟随罗大纲部舰队送往上海，随后解送天京。在上海等地，叶名琛等被俘清军官吏看到了上海惊人的变化，先不说上海那繁华的十里洋场和对岸欣欣向荣的国内工商业新区，就连后来前往苏州也是坐的西洋火车，令这些满清官吏们大开了眼界。

萧云贵这样做是有目的的，随着太平天国的兵威攻势日盛，往后投降或者主动归降、易帜的满清官吏会越来越多，这个时候就不能一味的抓到满清官吏就杀了，毕竟能减少损失让敌人主动投降是非常必要的，于是萧云贵需要千金买马骨。

但唯独叶名琛和柏贵两人萧云贵没有给予优待，当年广东天地会起义失败之后，叶名琛和柏贵在广东屠戮起义军的家属妇孺，甚至滥杀无辜甚多，这两人是要审判后明正典刑的。而向主动投降的水师提督黄开广、总兵任安邦，被俘的布政使江国霖与按察使周起滨等官吏是可以用的。

当中特别是江国霖此人，他为官20余年，一生清廉，所到任上，一心关心人民疾苦，严惩贪官污吏。历史上江国霖在1858年擢升为广东巡抚，他更是勤政爱民，事必躬亲，严厉整顿吏治，因而得罪了不少官僚和贪官。他们买通朝廷权贵，对江国霖进行诬陷，不久江国霖即被弹劾落职，移驻惠州。惠州父老闻江国霖至，狂走相告。据记载，当时“老者扶杖迎道左，妇女儿童嬉嬉倚茅檐，窃窥大人颜色；户户张彩焚香，爆竹声响彻十里”。江国霖进入行馆后，郡民敬送的槟榔、椰粟等物品充盈户外，感恩问候者踵接肩摩而至。郡民这样盛情迎接一位卸任官员，在惠州历史上仅此一次。江国霖寓惠数月后返回家乡，不久病逝，年仅50岁。

像江国霖这样的官吏是可用任用的，而前提就是他们要放下心中原来的满清主子。现在的萧云贵不但热衷于权力，更加热衷于将自己的意志强加给别人，能把一位敌方官员武将收为己用，萧云贵就会觉得更加有成就感。于是，江国霖等人顺道游览了上海、苏州等地才解送天京。