新成立五个近卫师的命令也很快就由南京下达，红娘子和曹变蛟所领之军，也就趁战事暂时停止的时候进行。

在整编的时候，曹越也就将早就计划的近卫军编制推了出来，以三个近卫师组成一个近卫军，每军六万余人，共五个近卫军。除了编制改变外，将领的职务暂时不调整。曹越虽然很想推行后世时候的那种军长、师长之类的官职，但为了避免混乱，还是决定暂时先采用明朝时候沿用至今的官职制度。

近卫军的最高军事长官为总兵，近卫师主官为参将。

第一近卫军总兵由曹变蛟兼任，辖第一、第三、第四近卫师，参将分别为曹杰、赵亮、曹能；第二近卫军总兵为黄得功，辖第五、第六、第十一近卫师，参将为赵真、吴举、李胜；第三近卫军总兵为红娘子，辖第第十二、十三、十四近卫师，参将分别为曹三、李清、李虎，第四近卫军总兵暂时空缺，辖第二、第十、第十五近卫师，负责南京防务，参将分别由赵泰、曹三、张世清担任；第五近卫军总兵由兵部侍郎袁继咸暂时兼任，辖第六、第七、第八近卫师，参将分别为吴信、曹前、常延松。

如今除了第二、第七至第十共五个近卫师不在山东境内外，其余人马皆在聊城、临清一线。第二、第十近卫师现在镇戍南京，第七、第八、近九近卫师则在左良玉起乱的时候，赶赴湖北一线，曹越也没打算调动他们到山东一线，只是让他们掌握湖北、湖南，防止建奴和流寇侵入。

第二近卫军曹越交由黄得功统帅，目的是想借此机会，将黄得功收罗为己用。这是历史上有名的猛将，江北四镇中此人表现最好，曹越想重用他。

黄得功被委以总兵职，这让高杰和刘良佐大出意外。也非常受刺激。他们强烈希望自己也能受到同等待遇，甚至能到军中任一参将职就满足，但却被曹越拒绝。曹越只是告诉他们，现在他们担任五军都督职。还是先做好这事，黄得功能兼任总兵职，是以前一直表现不错，这次领军作战，也立下战功。如果以后他们表现让朝廷和大都督府满意。也可能有机会兼任总兵职，继续领军打仗。

曹越的话，还有近卫军总兵空缺，而且曹越还说，正在南京训练的新军，也将改编成近卫军，这让高杰和刘良佐看到了希望，他们一再向曹越表示，他们会痛改前非，重新做人。让朝廷满意，让曹越放心。

破格委红娘子任第三近卫军总兵，这很出乎人的意料，毕竟红娘子是流寇出身，又是女流之辈，但曹越的任命，最终还是没人反对。大部分人都知道，如今红娘子已经委身于曹越，只差一个名份及曹越的正式宣布而已。而且红娘子又立下了不错的战功，没有人会站出来反对曹越任此职。

女流之辈任此要职。红娘子并不是第一人，此前朝廷已经下诏，委另外一个女人，著名的巾帼英雄秦良玉为总兵。

曹变蛟和红娘子军中那些主要将领。也都被委以参将职，继续领军。